云谷书院，在崇泰里庐峰之巅，宋乾道六年，朱熹爱其山水幽邃，名曰云谷，构草堂于中，榜曰：晦庵。记见《艺文志》，元季倾圮，国朝成化十七年佥事谈俊捐俸令熹九世孙格重建。

——明嘉靖《建阳县志·卷六》

芦峰山，在建阳县西北七十里，接崇安县界，与西山对峙，山高万仞，四围峭削，絶顶平坦，宋乾道中朱子更名曰“云谷”，筑草堂读书其下。

——《四库全书·大清一統志·卷三百三十一》

云谷草堂是朱子在建阳创办的第二所书院，也称“晦庵草堂”，后世也称“云谷书院”，在崇泰里（今莒口镇东山村）。

朱子在寒泉著述期间，与朋友门人一同游山玩水。寒泉林的北面，群峰连绵，最高峰为庐峰（也称庐山、芦峰）。朱子与朋友门人登游庐峰，在山中，寻到一处腹地平旷、内宽外狭的山谷，朱子有意修建草堂，“乾道庚寅，予始得之，因作草堂其间，榜曰晦庵”。乾道六年（1170）开始，朱子的门人蔡元定用五年左右的时间为先生打造基础设施，建造草堂，朱子说，“独友人蔡季通，家山北二十余里，得数往来其间。自始营葺，迄今有成，皆其力也”。淳熙二年（1175），三间草堂落成，朱子写榜题匾“晦庵”二字。因山中云雾多，朱子作《云谷记》，此后庐峰又称云谷。

云谷期间，朱子与朋友登山讲道，有《讲道》诗：“高居远尘杂，崇论探杳冥。亹亹玄远驶，林林群动争。天道固如此，吾生得安宁。”可考的同游者有方士繇（字伯休）、廖德明（字子晦）、刘尧夫（字淳叟）、刘子翔（字彦集）、蔡元定（字季通）、江默（字德功）、吕祖谦（字伯恭）、潘景愈（字叔昌）、魏掞之（字元履）、吴楫（字公济）、丘膺（字子服）以及朱子的儿子朱塾、朱埜等人。《讲道》诗可以一窥朱子与朋友、学生讨论学术，激烈争辩、追求理学真谛的情景。

从淳熙二年（1175）到淳熙五年（1178）底朱子赴南康任知军前，朱子有三年的时间是以云谷山为著述主阵地的。束景南先生称此时期为“云谷著述时期”：“从淳熙二年到淳熙五年的艰辛探索著述，是朱熹由《四书集解》经学思想体系向《四书集注》经学思想体系的过渡时期，这个时期也许可以称为云谷著述时期。”

朱子在《云谷记》中表达了他希望终老此地的想法，“十年之外，嫁娶亦当粗毕，即断家事，灭景此山”。但由于山高天寒，朱子并没有长期居住，加上晚年他足疾、心疾十分严重，再也未能登上云谷山。除了《云谷记》，朱子还为云谷题咏《云谷二十六咏》《云谷杂诗十二首》，加上一时兴起的诗作，及与朋友、门人等共游云谷山互相唱和的诗歌，如：《游芦峰分韵得尽字》《同丘子服游芦峰分韵得白字》《登芦峰》《将游云谷约同行者》《早发潭溪夜登云谷》《云谷合记事自效俳体戏作三首诗寄季通》《云谷怀魏元履》《子晦纯叟伯休季通德功登云谷分韵得冷字》《云谷次吴公济韵》等诗，朱子在云谷的吟咏数量远超他处。

朱子去世后，云谷草堂随即荒废，与熊禾同时代的詹无咎来到云谷草堂，面对荒草堆中的晦庵，詹无咎题诗一首：“晦庵峙柱几何年，遗构犹存讵偶然。似欲奎文倬云汉，故将梵宇付灰烟。披荒览胜须诸老，怀远穷幽付后贤。莫为雨行违夙志，要凌倒景看晴天。”诗中的“遗构犹存”已见草堂的残垣断壁。元代大德九年（1305），建宁府通判毋逢辰重修考亭书院，同时，修复云谷草堂；建阳县主簿汪蒙在云谷山麓建造山门以标识。“考亭西北偏有山曰云谷，晦庵在焉，侯亦为之起废，汪君于山之麓为门以识之”。（熊禾《考亭书院记》）比熊禾稍迟的元代诗人杜本到云谷草堂，有诗：“晦庵筑室此山巅，梁栋亲题乾道年。苔藓斓斑封断石，杉松郁密护流泉。精神已与天相遇，文字犹如世所传。䄂疏往来嘉遁吉，至今遗像尚依然。”杜本到云谷山，仍然可以拜谒朱子遗像。到了元朝后期，云谷草堂圯毁。明朝成化年间，福建提刑按察司佥事谈俊捐俸并令朱子九世孙朱格重建云谷书院。此后，未见修复云谷书院的记录。