基督教在清光绪十六年（1890年）传入建阳，当时有中华圣公会福建教区派出的英籍传教士鹿峥嵘到建阳水东设点传教。水东群众极力反对，拆毁教堂。光绪二十二年（1896年）2月，鹿峥嵘再次来建阳，得到当政者支持，建阳县基督教组织正式成立，在北门建天福堂（次年建成），并设医馆。宣统2年（1914年）在开福寺下（现为县人民武装部住地）建基督泛爱轩，为基督教会人员住所，聘请本地教师开办淑德女校。民国初年，建阳基督教有所发展，在黄坑、长坪、麻沙、莒口、将口、徐墩街（今徐市乡所在地）、后山建礼拜所，开展基督教会活动，在麻沙、徐市各办一所学堂，在黄坑办基督售书所，在泛爱轩内设基督阅报所。民国11年（1922年）在城内铁进栏旁购旧房，建礼拜堂、牧师房，由王瑞安牧师主持，于次年10月落成。民国19年因经济困难、医诊所、妇校、小学、阅报室均停办。

基督教传入水吉较迟。民国11年英籍女传教士杨师姐和胡起鸿牧师到水吉传教，创办毓秀妇校，开办诊所，到14年才正式成立中华圣公会水吉救主堂。

抗日战争中期，浙赣和闽海战事紧张，迁居建阳的基督教徒很多，建阳县基督教会一度兴旺，参加县基督教徒礼拜的达千余人。抗日战争胜利后，外地基督教徒大都返回原籍，建阳县基督教会活动转入低潮，仅有建阳城区天福堂、水吉救主堂每周有一次主日活动。

建国前夕，由于活动经费的困难，乡村的礼拜所几乎完全停止活动。建国初期的1949年，建阳、水吉两地的基督教恢复活动，订立《爱国公约》1951年4月，建阳县基督教三自（自治、自养、自传）革新委员会成立。据1951年8月统计，全县有基督教徒139人。1952年1月和1953年5月县人民政府先后正式批准天福堂和救主堂恢复教会活动。此后，建阳基督教徒走“三自”道路，积极投身各项政治活动。

“文化大革命”10年，建阳基督教会受摧残，牧师遭批斗，教堂被占用，基督教会活动完全停止。

中共十一届三中全会后，宗教信仰的自由得到法律的保护，中国共产党的宗教政策重新落实，基督教会房产共4000多平方米或回收，或予以赔偿。1983年3月，建阳城区天福堂进行修复并恢复了活动。不久，水吉救主堂也恢复活动。建阳县乡间基督教会活动点还有徐市、麻沙、书坊、崇雒、将口、胡巷、黄坑、九峰、回龙、周家。1992年统计，全县基督教徒1925人。