即使是朱熹晚年创建的精舍，规模虽有扩大，也还是比较简陋。绍熙三年（1192），朱熹定居考亭，“见谋于屋后园中作精舍，规模甚广”；创建了规模更大的竹林精舍（后更名沧洲精舍），在《答蔡季通书》中说道：“书堂高敞，远胜云谷、武夷，亦多容得人，他时尽可相聚也。”沧洲精舍有堂有室，其结构据熊禾《重修考亭书院记》描述为“前堂后室，制甚朴实”。尽管竹林精舍“制甚朴实”，由于朱子理学的影响力不断扩大，全国各地莘莘学子不远万里前来求学，可考的门人弟子就有219人、分别来自江西、浙江、安徽、江苏、湖南、湖北、广东、四川及本省各地，其中本省各地门人达66人。

朱熹晚年除在这里讲学论道外，仍笔耕不辍，自绍熙三年（1192）五月至庆元六年（1200）三月逝世前，著有《孟子要略》、《周易参同契考异》1卷、《韩文考异》10卷、《书集传》6卷、《楚辞集注》8卷、《楚辞辨证》2卷、《楚辞后语》6卷、《仪礼经传通解》37卷等。

书院还有一项重要功能就是藏书、刻书，朱熹就专门在崇化里书坊设同文书院，进行刻书、藏书。“同文书院在建阳县崇化里，今书坊。宋乾道间，朱熹建以贮图书，后遭兵燹。”朱熹在这里整理刊刻“北宋四子”（周敦颐、张载、程颢、程颐）理学著作，出版自己的最新论著，同时由于办学需要，也刻印一些教学用书。由于朱熹一生“在外九考，立朝四十六天”,大部分时间奉祠在家，微薄的祠禄常使他捉襟见肘，“箪瓢屡空，晏如也，诸生远而至者，豆饭藜羹率与共，往往贷于人以给用。”在这种情形下，也不时刻印一些书籍，赚取一点“文字钱”以自助。

在朱熹的身体力行下，建阳这片土地终于迎来了文化历史上最为璀璨多彩的时刻。早年的朱熹与蔡元定，一人在云谷，一人在西山，每有疑间，便点灯为号，以便次日两人见面互为探究。蔡元定曾鼎力协助朱熹完善了大量理学学说。而作为衣钵传人的黄除，晚年告老还乡后，也曾在建阳先后创建了环峰书院和潭溪精舍两所书院，并让长子黄辂和三子黄複打理书院。此外、如刘爚、熊禾、游九言、叶味道等都在建阳传道兴学：刘爚在马伏创建了云庄书院，叶味道在后山创建了溪山书院，熊禾在樟埠修建了熊屯鳌峰书院，游九言在长坪修葺了鹰山书院。他们在退隐之时都选择在家乡的书院讲学论道，著书立说，教化乡里。

宝庆元年（1225），建阳县令刘克庄建祠纪念，淳祐四年（1244），宋理宗为表彰理学，御书“考亭书院”匾额，将沧洲精舍易名为考亭书院。此后，元明清三朝，朱子理学得以进一步推崇。朱熹的《四书集注》被诏定为科场取士的标准，朱子也“配祀孔庙”。

考亭书院是宋代四大书院之一，虽然规模远不及白鹿洞、岳麓、睢阳、嵩阳书院，但以它在中国教育史上的影响而论，考亭书院足以与中国历史上任何一座书院相提并论。

因为南宋创立起来的良好文脉，得以绵长泽及乡里。自南宋以来，建阳书院代未断绝，直至清末的光绪年间，依然有书院建立。

自南宋之后建阳的书院刻书，其经费来源主要依托当地政府所拨给的学田，用学田所产支付官帑。历史上建阳的书院所拥学田不等，即收入差异较大。因此，同时代各书院之间，不同时代的书院，在刻书的量上就存在较大差异。如朱熹一手所创办的同文书院，它实际的功能在刻书，具有专事刻书的职能。

由于朱熹在理学的创立和宣扬的极大成就，南宋理学得到统治阶级肯定和褒扬，建阳各地朱熹及其门人弟子创建的书院都获得朝廷赐匾，元、明、清各代，建阳的各书院又进一步得到改建扩建，由朝廷派山长管理，增置学田，“备来学廪给”和祭祀之用。书院的功能也由原来的讲学论道转为祭祀理学先贤，如考亭书院。中建集成殿，以蔡（元定）、黄（榦）、刘（爚）、真（德秀）四人配。旁为两庑为竹林、沧洲两精舍，前为二门，门外之右为道源堂，其左为报德祠，祀历代之有功于祠者。前为碑亭二，又前为大门，为石坊，坊左右为“泰山乔岳”“景星庆云”二坊，店之后为献靖公祠，上有楼，祀文公远祖茶院公，其最上一层曰“十贤楼”，祀濂溪（周敦颐）、明道（程顥）、伊川（程颐）、康节（邵雍）、横渠（张载）、涑水（司马光）、龟山（杨时）、山（游酢）、豫章（罗从彦）、延平（李侗）十先生。

获宋理宗皇帝赐匾的书院还有：庐峰书院（即西山先生祠），在崇泰里后山，祀西山先生，以子渊、沈，孙模、杭配；宋乾道间，蔡沈构精舍于庐峰之下，宝祐间，理宗御书“庐峰书院”四字，环峰书院（即黄勉斋先生祠），在童游妙高峰下，宋嘉熙元年，御书“環峰书院”匾额；云庄书院（即刘文简公祠），在崇泰里马伏；溪山书院（即叶文修公祠），在崇泰里后山，宋儒叶文修公味道讲学之所，原为精舍，宋理宗改建书院。