但是十三经的文本，很少是孔子所定的文本，不少汉人所认为传的都是战国或汉初人的著作，就是五经的文本，在秦始皇焚书时散失无存，是汉初学者凭自己记忆编写出来的，而今所传的文本，又有许多经过后人改编而成，所以，经书的来源虽然远古，但它远不是原来的面目了。

为了匡正书义，朱子继承周敦颐、二程、张载、游酢、李侗等人思想，把《论语》《孟子》连同从《礼记》中分出来的《中庸》《大学》两篇，加以注释，号为四书。宋理宗以后，朝廷明令，以朱子解释为标准，此后，朱子《四书集注》成为读书人必读之书，元、明、清的人先读四书，后读五经，五经可以专习其中一种，四书则必须统统学习。

朱子以儒家政治伦理哲学为中心，吸取佛、道哲学思辩成果，健全完善理本体论，阐发义理之奥，建立一个精致、富于理性思辨的理学体系，把理作为最高的哲学范畴。认为万物皆有理。认为理寓于事物之中，主张理未尝离乎气，有理而无气，则理无所立。在总理和万理的关系上，朱子提出理一分殊的命题，理一和分殊之间存在着互相联系和依赖关系。

朱子提倡格物致知，强调知先行后；格物致知是穷天理，明人伦，讲圣言，通事故。天理即仁、义、礼、智、信，道德、人伦、圣言、事故是天理的阐发应用。而穷理的方法则是学、问、思、辨等形式，是一个由浅入深的过程，学与问是闻见功夫，通过读书论学，评论古今人物，应事接物等途径去认识物理。其次，思辨工夫，朱子主张沉思，潜思，反复推究，触类旁通，分析类推，达到内心豁然贯通，穷尽天下之理的目的。在道德修养上，朱子提出存天理、灭人欲的主张，天理是仁、义、礼、智、信，而人欲是受物欲迷惑而产生的私欲；和人的正常欲望不同，反对过欲纵欲。朱子建立一个博大精深的哲学体系，朱子的学说，致广大、尽精微，综罗百代，集诸儒之大成者。

朱子学说历经元、明、清三代，各个王朝将其定为指导思想，从元朝开始，朱子的《四书集注》被指定为科举考试依据。他的言论几乎成为判断是非善恶的标准，因此，朱子后八百年儒家思想，实际上就是朱子的理学思想，称为新儒学。

朱子思想对后世影响很大，朱子去世后，其弟子门生，又不断完善其理学学说，如黄榦、蔡沈、李燔、陈淳、真德秀、刘爚、辅广、熊禾等人，将朱子学说推广，普及遍及天下，至元、明、清三代，朱子思想不断发扬光大，名家辈出，占据主流思想。

上世纪，朱子思想一度消沉。如今，随着人们对朱子思想重新审视，朱子思想重放光芒，其内在精华与文化思想教育引导价值，逐渐引起重视，而朱子思想也跨越国门，在世界各地蔓延开来，成为世界各地研究中华灿烂文明的主要一部分。