熊秘，乾符间，官至右散骑常侍、兵部尚书。因黄巢乱，自南昌避地入闽，至义宁，爱其山水，遂卜居焉，名曰熊屯，鳌峰书院其所建也。

——道光《建阳县志·卷十三》

鳌峰书院，即熊勿轩先生祠。在崇泰里樟㘵，书院故唐熊尚书秘所建，为子孙肄业之所。宋勿轩先生禾改其门对云谷，以寓仰止之意。明成化庚辰，副使何公乔新重建以祀勿轩先生。万历丁酉，都御史金学曾重修。

——清《道光县志·卷三》

鳌峰书院在莒口樟㘵（又称熊屯、熊墩），始建于唐末乾符年间（874-879），是唐尚书熊秘为家族子孙学习而创建的家塾，是闽北的第一座书院。

宋朝初年，熊氏后裔熊知至，自号鳌峰先生，撰有《鳌峰隐人集》。熊知至改家塾名为鳌峰书院。

宋亡后，熊秘后裔熊禾主持书院并重修，增建传衷堂、道源堂、熊氏忠孝节义祠。熊禾对朱子推崇备至，他在《考亭书院记》中写道：“周东迁而夫子出，宋南渡而文公生。” 他称朱子为“百世之师……公之文，如日丽天；公之神，如水行地”。重修鳌峰书院时，熊禾将门改对云谷，以示景仰朱子，承接朱子道学之传，并将书院名改为“云谷书院”。熊禾担心“道学之不明，由祀典之不明也”，于是“黜邵、马而定五贤之祠，别配享而正孔庙之仪”。熊和在鳌峰书院通过明确祭祀的对象，来达到明道统、明祀典的目的。祭祀孔子，以颜子、曾子、子思子、孟子配祀；其次，将“邵”“马”，即邵雍、司马光移出祭祀体系，只祭祀“宋五贤”——周濂溪（敦颐）、程明道（颢）、程伊川（颐）、张横渠（载）、朱晦庵（熹）。在《三山郡泮五贤祠记》中，熊禾自叙：“仆于云谷之阳，鳌峰之下创小精黉，中为夫子燕居，配以颜曾思孟，次以周、程、张、朱——濓溪、明道、伊川、横渠、晦庵五先生，隆道统也。”

熊禾将整套的学院礼仪引入云谷书院，书院开学时，熊禾举行“舍菜礼”， “舍菜”也叫“释菜”，是古代的祭礼之一，书院在开学或春秋两季祭祀孔子时，即为“释菜”礼。礼成后，士人李德成写下《鳌峰书院舍菜礼成》：

鳌峰峰前子熊子，举目乾坤泪如雨。

百年学绝白日飞，要作山中古乡遂。

相看云谷青不了，手濯流泉挹清泚。

……

大德九年（1305）的元日，来参加释菜礼的学者达55人，熊禾的《乙巳元日鳌峰书院会拜五十五人》一诗生动描绘了这一盛况：

晓日瞳瞳一岁初，乡闾盛会说吾庐。

运当尧历三千六，数协羲图五十余。

修竹岁寒欣得友，野花春色且携书。

大篇听取艰贞训，万古天心定不虚。

鳌峰书院因熊禾讲学著述而闻名，熊禾去世后，后人就在书院建祠奉祀他，故又称熊勿轩先生祠。

明永乐十八年（1420），书院被权势侵占。正统十一年（1446），熊氏后人熊椽申诉上司宪副高公、佥事董公，书院得以收回修复。

明成化十年（1474），知县项旻在书院外建两座牌坊，左边“道学”坊，右边“忠孝”坊。在此前后，分巡佥事彭诚下文让通判周凤修复书院；副使何乔新重建。万历二十五年（1597），都御史金学曾重修。鳌峰书院毁于民国后期，留下五大圆门与残垣断壁，1976年遗址改为田地。现已小规模重建。