少名丙，字伯和，又字和甫，晚年自号“樟隐老人”。祖籍婺源(今属江西)，曾祖祝确为朱熹的外祖父，父康国是朱熹表弟，跟随熹母祝氏居崇安。祝穆少年丧父，读书于朱熹家塾。20岁，朱熹命黄干为他举行冠礼。乾道初，祝穆与其弟一起随朱熹到建阳云谷晦庵就读，受黄干、蔡元定教诲。他嗜书，手不释卷，于书无所不读。青年时，往来于吴、越、荆、楚之间，所到必登高探幽，临水揽胜，遍访民情风俗，这为他晚年著述积累丰富资料和感性知识。

晚年卜居建阳县麻沙水南，名其庐“南溪樟隐”，集朱熹生前手迹，匾于厅堂楣额。在右小屋取朱熹生前所书“岁寒”二大字，以表古樟之雅。与隐庐相对，又筑小楼四楹，取张南轩所书“藏书楼”三大字，揭匾楼上。在这优美舒适的环境，开始他晚年的著作生涯。凡经、史、子、集，稗官野史，金石刻，列郡志，“有可采摭，辄抄录”。祝穆善于写文章，“下笔顷刻数百言”。在麻沙水南隐居期间，撰成两部文献性巨著，一是类书《事文类聚》170卷;一是综合性地理志《方舆胜览》70卷。

他不仅自编书籍，而且自家刻书发行。南宋嘉熙二年(1238年)有市侩之徒将祝穆《方舆胜览》自刻本改名《节略舆地纪胜》翻刻。祝穆上诉保护版权，官府下令“追人、毁板”。这时祝穆经过几年编纂，雕版费用，据称“浩瀚”。他不仅是刻书家也是藏书家。其家境不算富裕，却仍节省开支，购聚书籍，建筑小书楼以为藏书之处。

祝穆于理宗宝佑四年(1256年)十一月撰成《南溪樟隐记》这篇脍炙人口的散文。当年逝世，谥“文修”。