字安老，建阳人。北宋宣和三年(1121年)，太学上舍释褐出身。南宋建炎元年(1127年)高宗即位后，任右正言，因直言议论政事得罪，贬为明州(今宁波)通判。建炎四年七月，金朝册立刘豫为“齐帝”，与南宋对峙。绍兴初吕祉升任建康(今南京)知府，与吴若。陈充等合著《东南防守利便》—书呈上，认为:“立国于东南者，宜联络淮甸、荆襄之势。临安僻在海隅，当移跸江上，然后可以系东南离散之心。”绍兴四年(1134年)，刘豫诱金兵攻袭淮南，江东戒严。这时韩世忠部驻江苏高邮，首当其冲。吕祉上书朝廷，要求派兵援助韩世忠部。接着韩世忠率部退保镇江，吕祉再上书朝廷:“置江北于度外，恐失中原民心”，要求皇上亲率大军救援。于是高宗率军亲征，车驾至平江，金兵与齐军溃。吕祉升任吏部侍郎。

绍兴五年刘豫调乡兵大举攻宋，朝臣纷纷主张退保临安。吕祉据理力争，说:“士气当振不可避退以示弱。”绍兴七年吕祉升任兵部尚书，参议军事。这时因刘光世骄惰不能战，他猫奏朝廷罢刘光世统兵职务，朝廷命王德为屯驻大军统制，郦琼为副使。但王德与郦琼不和，两人到都督府与御史台互相指控，朝廷命吕祉前往庐州(今属安徽)处理交讼事。吕祉至庐州上书密奏朝廷解除郦琼兵权。军中书吏泄漏机密，郦琼派人于邮驿中截获奏书，因此怀恨在心。适逢朝中要调郦琼赴京城临安(杭州)，更引起郦琼疑惧，于是挟制4万军队挟持吕祉投奔刘豫，行至离淮河30里的三塔，吕祉下马愤怒地说:“刘豫叛臣，我岂可见之?”，郦琼命士兵逼他上马，吕祉痛骂:“死则死于此。”“刘豫，叛臣也。尔军中岂无英雄，乃随琼去乎?”郦琼害怕动摇军心，就杀害吕祉。吕祉妻吴氏闻噩耗，以帛自缢死。宋高宗赠吕祉为资政殿大学士，特敕葬邵武樵岚。