建本图书在明末的崇祯时期就已式微，特别是在清初对汉人所采取的高压政策下，多数书籍被列入禁书行列。尽管麻沙、书坊两地仍然保留下部分刻坊，但无论是经营规模、从业人员的素质、对外销售的能力、自身技艺的更新还是外部的读书氛围都不利于建本图书的健康发展。

清朝，书坊的部分家族，在极为艰难的环境下固守祖业，但刻印的门类、数量与明中期相较都已不可同日而语。日常的经营通常局限于本地的家谱、族谱，寺庙佛经以及些许农事、蒙学读物的印刷。

书坊印刷业造成如此颓废的局势主要原因有三：

首先，战火所毁。以吴三桂为首的“三藩”于康熙十三年(1674)发生兵变。盘踞福建的藩王耿精忠反叛，驻军建阳。根据地方史料的记载，当时的建阳水南在一片火海后化为瓦砾。时清中军守备金朝弼目睹战火焚动之后的满目凄凉:“市中虚若谷焉，城葺若薮焉。比屋洞开，阒无人也；路道崎岖，败瓦积也；深夜无闻，鸡犬尽也。……盖烟销于甲寅之烽火者，不知凡几。”因这场战乱，建阳属地原有的人文生态与自然生态都遭受到毁灭性的摧残。崇化书坊的刻印业遭受重创。地方史料上记录:时有余有腹举家迁往建瓯，余国清偕族人迁居浦城毛洋，余家齐偕四弟寓居崇安五夫……刻书作坊因之纷纷倒闭，书市为之萧条。尽管经过漫长的恢复而有所缓和，但咸丰七年(1857)。崇化书坊再次遭太平军石达开部兵火焚毁大量的书肆、房屋以及所存雕版化为灰烬。偌大的崇化书坊，火后仅存范、张、陈、吴四姓聚居的高墙大院和一座将军庙，此一致命性的战火，最终使崇化书市一蹶不振。

其次，发展所变。当江南诸地入清之后，经济上的发达促就了文化的再度兴盛。而文化的兴盛也促就了金陵、苏州、扬州、杭州等地及本省的福州、漳州、泉州的印刷业迅速迈向新的平台。现代活字印刷术与石印、珂罗版等印刷技术的引进使得江南的印刷快速发展，加速传统雕版印刷业的没落。到了乾嘉之际，汉学兴起，许多名家身体力行，集编、校、刻、印、藏、研、授于一身、加上江南人口密集，借水陆交通之便，在诸多方面占得先机，执其时印刷业之牛耳。到了晚清时期，南京、上海、杭州等地已经开始进入铅印机的印刷快车道时，存续八九百年的建阳书坊还延续着雕版印刷，部分作坊主已到金陵、武林开设堂号继续发展;部分堂号将产业转至浒湾、福州继续经营;部分刻工转而挑着活字，走街串巷印制族谱养家糊口;仅有小部分仍坚守在旧作坊里，刻印童蒙读物、医算历书，聊以谋生。

再次，时势所限。入清之后，昔日的理学名邦建阳再无鸿儒，而刻书业中也无熊大木、余象斗等扛鼎人物。而朝廷对于印刷业的钳制，让昔日的“图书之府”无书可印。如:不得私印《三国演义》《水浒传》《西游记》等具有煽动性书籍;不得刻印《西厢记》《红楼梦》等有伤风化之书等等，而这些都是书坊刻印书籍之大宗，“四书五经”等科考用书又为武英殿、州府县学垄断，偏于一隅的建阳不复有原书林之气象。特别是光绪二十七年(1901)，崇化书坊又遭一次火灾，370余家房屋、店面毁于一旦。此次焚毁，连同旧存雕版、书籍均被烈火吞噬殆尽。延续近千年的建阳书坊雕版印刷业终于退出历史舞台。