元朝是由北方少数民族蒙古建立的政权，虽然政权更替，政治中心北移，但对已有数百年刻书历史的“图书之府”建阳而言，雕版印刷业并未出现太大影响，继续保持发展势头，为四大刻书中心(北京、平水、杭州、建阳)之一。刻印书籍数量最多，闻名天下。元代推崇程朱理学，以朱熹的《周易本义》《四书集注》和蔡沈的《书集传》、胡安国的《春秋传》作为科举考试指定经本，对闽学诸子后裔优渥有加，闽学圣地建阳书坊所刻之书无疑先胜一筹。隐居建阳的宋末学者谢枋得写下《书林十景》组诗，其六《云衢夜月》有诗句云:

长虹跨陆登云衢，会同四海皆车书。

日斜市溃夜喧息，月来云净天无疵。

元至正二十三年麻沙遭受战火，大部分刻书坊被烧毁，刻书中心渐次移到崇化书坊。因此，有元一朝，“建本”多为崇化书坊刊行。《八闽通志》载:“今书籍之行四方者，皆崇化书坊所刻者。”而从谢枋得诗句中可见到一派繁荣气象，已不见兵灾浩劫之象。

元朝官府刻书极少，书院倒有刻一批书籍。如：考亭书院于元大德十年(1306)刻印王安石撰《王荆公诗》；云庄书院刻印《新编古今事文类聚》；建安书院于至正十一年(1351)刻印赵居信撰《蜀汉本末》；屏山书院于至正庚子(1360)刻印宋刘学箕撰《方是闲居士小稿》；至正二十六年崇安南山书院刻印宋陈彭年撰《广韵》。

元代建阳私家刻书已无南宋之盛，不少家族加入坊刻队伍。私刻仅见熊敬、董僎、刘焱、张光祖、蒋易、郑明德等寥寥数家，所刻书籍也较少。

元代坊刻书堂、书铺远超宋代，所刻书籍数量占据半壁江山。崇化书坊除了宋代已经兴起的余、刘、虞、陈姓等刻坊刻书外，在元代又有郑、叶、詹、熊等姓的书堂崛起。此外，还有39家书堂从事刻书业。其中著名的有：刘君佐的翠岩精舍，先后刻印有《程朱二先生周易传义》24卷、《国朝文类》70卷、《诗集传附录纂疏》20卷、《诗序附录纂疏》1卷、《诗传纲领附录纂疏》1卷、《语录辑要》1卷；余志安的勤有堂为当时全国最有名的刻坊之一，刻有《分类补注李太白诗》25卷、《集千家注分类杜工部诗》25卷、《书集传辑录纂注》6卷又1卷、《三辅黄图》6卷、《四书通》26卷、《故唐律疏议》30卷、《纂例》12卷、《国朝名臣事略》15卷、《诗童子文》20卷、《书蔡氏传旁通》6卷、《严氏诗缉》36卷、《新编妇人大全良方》24卷、《辨识修制药物法度》1卷、《仪礼图》17卷、《古烈女传》7卷续传1卷等。

元代的书坊由于受朝廷不重科举的负面影响，除了传统的经史文集刻书外，更多的是刻印医书、类书。文人士大夫将文事兴趣渐次转向新兴的文体，小说、戏曲开始进入人们的视野，书坊主敏锐地捕捉到市场信息，开始从事通俗读物如各种民间诗歌、戏曲、话本、小说集的刻印刊行，如《大宋宣和遗事》《京本通俗小说》等。这些书主要供民间艺人说唱使用。其中最有名的是一套建安虞氏刊刻的全相讲史话本，现存《新刊全相平话武王伐纣书》《新刊全相平话乐毅图齐七国春秋后集》《新刊全相秦并六国平话》《新刊全相平话前汉书续集》《至治新刊全相平话三国志》五种。“元至治全相平话五种”是民间艺人说书的底本，历来为文人视为俗书，而未被重视，然这些却是现存最早的话本小说刻本，并为明代小说类图书的繁盛打下坚实的基础。此外建阳书坊还刊刻了一些元散曲选本，现存《朝野新声太平乐府》《梨园按试乐府新声》《乐府新编阳春白雪》。其中，《阳春白雪》还有初编、重编两种刻本，颇受时人欢迎。随着这些文化在民间的广泛传播，得以滋润民间作者的心田，由此铺垫了我国通俗文学发展的道路。在这样的前提下，得以产生后来著名小说《三国演义》《西游记》《水浒传》等。

其时，书坊叶日增的广勤堂、刘君佐的翠岩精舍、刘锦文的日新堂、虞氏的务本堂、郑氏的崇文堂等，均为当时著名书肆。